AI アシスタントから使う（MCP）v0.46.0 (2026-08-28) で追加

Graphium は MCP サーバーとしても動きます。Graphium の外にいる AI アシスタント — Claude Desktop、Claude Code、その他の MCP クライアント — が、あなたのノートの中を見たり、新しいノートを書き足したり、ナレッジ層の手入れを手伝ったりできるようになります。

「AI のセットアップ」の MCP サーバーとは逆向きの話です

あちらは Graphium がクライアントになって、自分の AI チャットから外のツールを呼びに行く設定です。このページは Graphium がサーバーになって、外のアシスタントがあなたのノートを見に来る設定です。両者は独立しているので、どちらか一方でも、両方でも、どちらも使わなくても構いません。

Graphium を開いて、目当てのノートを探して、手順をチャット欄に貼り付ける、という手間の代わりに、アシスタントに直接尋ねられます。

「CuGaTe2 をボールミリングしたときの条件は？」

アシスタントはあなた自身のノートから答えを読み、どのノートから来たのかも一緒に示します。

どんなときに役立つか

自分のノートに質問する。 アシスタントが一般知識から推測するのではなく、あなたの記録を検索して答えます。
自分の実験どうしを比べる。 「グラファイトダイを使った試行はどれか」は、一般的なモデルには答えられず、あなたのノートには答えられる問いです。
手順を会話に持ち込む。 手順は順番どおりに返り、それぞれの材料・道具・条件が付いてきます。
結論を書き戻す。 会話の中で残す価値のあるものができたら、アシスタントが新しいノートとして書き込めます。
資料そのものを読む。 PDF（ページ単位）・Word・Graphium に登録済みの Web ページの本文を、トピックの要約に頼らず直接読めます。
手順の流れを図で見る。 ノートの手順を Mermaid のフローチャートで受け取れます。文書にそのまま貼れます。
ナレッジのページを手入れする。 重複したトピックをまとめる、トピックや問答ページを書き直す、アーカイブする、といったことを任せられます。すべて記録され、Graphium からも取り消せます。

ノートは、アシスタントが読み取った答えという形以外では手元から出ません。読む・探す・ノートを足すことは、Graphium を閉じていても開いていても動きます（サーバーがノートのファイルを直接読むためです）。例外は ナレッジのページの手入れで、こちらは Graphium を終了してから 行います。アプリは起動中、自分の索引を正としているので、外からの書き換えが次の起動まで反映されず、上書きされることがあるためです。起動中は APP_RUNNING: と答えて断ります。

設定する

全体の流れは「サーバーを 1 回ビルドする → 使うアプリに登録する → 動くか確かめる」の 3 段です。一度登録すれば、あとは普段どおり話しかけるだけです。

必要なもの:

Node.js 20.16 以降（PDF の読み取りに使う pdfjs の要件です）
Graphium のソースコード（デスクトップ版のアプリには MCP サーバーが入っていないため、ソースからビルドします）
pnpm（無ければ npm install -g pnpm）

1. サーバーをビルドする。 ソースを取得して、そのフォルダで実行します。

bash

git clone https://github.com/kumagallium/Graphium.git
cd Graphium
pnpm install
pnpm bundle:mcp

dist-mcp/graphium-mcp.mjs という 1 つのファイルができます。このファイルのフルパスを次の手順で使います（pwd で表示されるフォルダの後ろに /dist-mcp/graphium-mcp.mjs を付けたもの）。

PDF と Word の文字起こしは、clone 側の node_modules を使います。graphium-mcp.mjs を別の場所へ写して使うと、この 2 つ（PDF と Word の文字起こし）だけが使えなくなります（ほかのツールは動きます）。pnpm bundle:mcp が作った場所のまま使ってください。

あわせて node 自体のフルパスも控えておきます。デスクトップアプリはターミナルと違って PATH を引き継がないことがあり、"command": "node" だけでは起動できない場合があるためです（nvm で Node を入れている場合は特に）。

bash

which node

2. 使うアプリに登録する。

Claude Code の場合 — ターミナルで次を実行します。--scope user を付けると、どのフォルダで Claude Code を開いても Graphium のノートを引けるようになります（付けないと、実行したフォルダでしか使えません）。

bash

claude mcp add --scope user graphium -- /path/to/node /path/to/Graphium/dist-mcp/graphium-mcp.mjs

Claude Desktop の場合 — 設定 → 開発者 → 構成を編集 で開く設定ファイル（macOS では ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json）の mcpServers に graphium の項目を足します。

json

{
  "mcpServers": {
    "graphium": {
      "command": "/path/to/node",
      "args": ["/path/to/Graphium/dist-mcp/graphium-mcp.mjs"]
    }
  }
}

先に Claude Desktop を終了してから書き換えます

この設定ファイルには、アプリ自身の設定も一緒に保存されています。アプリを起動したまま書き換えると、終了や再起動のときにアプリが手元の古い内容で書き戻し、足した graphium が消えることがあります。⌘Q（Windows はタスクトレイから終了）でアプリを完全に終了してからファイルを書き換え、保存してから起動してください。ほかの項目（mcpServers の別のサーバーや preferences）は残したまま、graphium だけを足します。

パスはどちらも、相対パスではなくフルパスで書きます。

3. 動くか確かめる。 Claude Desktop は新しい会話を始めるだけでは足りず、アプリごと起動し直す必要があります。Claude Code は新しいセッションを始めます。そのうえで、次のように尋ねます。

私のノートにはどんなトピックがある？

トピックの一覧が返ってくれば完了です。Claude Code では claude mcp list を実行すると、graphium が ✓ Connected になっているかも確かめられます。

ほかの MCP クライアント

ここに Claude 固有のものはありません。Graphium は標準のプロトコルを stdio で話すので、ローカルの MCP サーバーを起動できるクライアントであれば動きます — Cursor、VS Code、Zed、Cline など。どのクライアントでも必要なのは同じ 2 つ、node というコマンドと、graphium-mcp.mjs へのフルパスです。

それをどこに書くかはクライアントによって違い、しかもこの設定はバージョンによって移動しがちです。正確な場所と書式は、お使いのクライアントの MCP ドキュメントを確認してください。上の mcpServers の JSON をそのまま受け取るものも多くあります。

クライアント	追加のしかた
Claude Desktop	設定 → 開発者 → 構成を編集
Claude Code	`claude mcp add graphium -- node <パス>`
Cursor / VS Code / Zed / Cline など	それぞれの MCP 設定（多くは同じ形の JSON）

制約が 2 つあります。サーバーはローカルのプロセスとして動きます（接続先の URL があるわけではなく、リモート HTTP には対応していません）。また、クライアントを動かすマシンに Node.js 20.16 以降が必要です。ノートは手元のディスクにあるので、クライアントも vault と同じマシンにいる必要があります。

サーバーは既定で ~/Documents/Graphium を読みます。⚙ 設定 → 一般 で Graphium のフォルダを変更している場合は、その設定に自動で従います。別の場所を明示したいときは env を足します。

json

{
  "mcpServers": {
    "graphium": {
      "command": "node",
      "args": ["/absolute/path/to/Graphium/dist-mcp/graphium-mcp.mjs"],
      "env": { "GRAPHIUM_ROOT": "/Users/you/Dropbox/Graphium" }
    }
  }
}

新しい版に更新する

MCP サーバーは、ビルドした時点の Graphium のまま動き続けます。デスクトップ版の自動アップデートでも新しくなりません。ソースを更新したら、ビルドし直してからアプリを起動し直してください。

bash

cd Graphium
git pull
pnpm install
pnpm bundle:mcp

登録はそのままで構いません（同じパスのファイルが新しくなるだけです）。新しいツールが表に載っているのにアシスタントが使えないときは、たいていビルドし直しを忘れています。

アシスタントにできること

次のツールが使えます。名前を指定して呼ぶ必要はありません。普通の言葉で尋ねれば、アシスタントが選びます。

ツール	こんな尋ね方
`search_notes`	「熱電特性の測定について書いたノートを探して」
`get_note`	「そのノートを見せて」
`get_note_steps`	「手順を条件込みで教えて」「この手順を図にして」（`format: "mermaid"` でフローチャートが返ります）
`find_notes_using`	「プラネタリーボールミルを使った実験はどれ？」
`list_entities`	「私のノートにはどんな材料や装置が出てくる？」
`list_topics` v0.76.0 (2026-09-16) で追加	「私のノートからどんなトピックがまとまっている？」
`get_topic` v0.76.0 (2026-09-16) で追加	「焼結条件について分かっていることを教えて」（本文と、引いている資料の名前が返ります）
`trace_lineage`	「この結論はどこから来たの？」「この PDF から作ったノートはどれ？」
`create_note`	「これをノートとして保存して」
`save_answer` v0.79.0 (2026-09-18) で追加	「この回答を残しておいて」
`export_prov` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「このノートの来歴を PROV-DM（W3C PROV JSON-LD）で出して」
`get_source_text` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「その PDF の 3 ページ目を読んで」「資料には実際に何と書いてある？」
`search_media` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「焼結について取り込んだ PDF はどれ？」「相図の入った図はどのファイル？」
`check_knowledge` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「重複や空のトピックはある？」（機械判定だけ）
`list_source_check` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「出典照合で要確認になったページはどれ？」
`list_todos` v0.94.9 (2026-10-22) で追加	「まだやっていないことはある？」「電池のフォルダでチェックが残っているのは？」（ノート横断で、まだチェックしていないチェックリストの項目を、ノートとブロックの ID つきで返します。下の節を参照）
`revise_topic` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「新しい結果を入れてこのトピックを書き直して」
`merge_topics` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「この重複したトピックを 1 つにまとめて」
`archive_page` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「いらなくなったトピックをアーカイブして」
`restore_page` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「そのページをアーカイブから戻して」
`list_operations` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「最近の手入れの操作は何をした？」
`undo_operation` v0.87.0 (2026-10-07) で追加	「さっきの統合を取り消して」
`start_claim_task` v0.97.0 (2026-10-26) で追加	「このノートから知見を作って」（知見はアシスタント自身が書きます。下の節を参照）
`submit_claims` v0.97.0 (2026-10-26) で追加	`start_claim_task` のあとに、アシスタントが書いた知見を渡すために呼びます
`find_claims_for_task` v0.97.0 (2026-10-26) で追加	書き足し先になりそうな既存の知見を、アシスタントが追加で探すために呼びます
`submit_rewrite` v0.97.0 (2026-10-26) で追加	書き足した知見を、アシスタントが整えるために呼びます（任意）
`start_insight_task` v0.98.0 (2026-10-27) で追加	「知見をまたいで洞察を探して」（洞察はアシスタント自身が書きます。下の節を参照）
`submit_insights` v0.98.0 (2026-10-27) で追加	アシスタントが書いた洞察を渡すために呼びます。ここではまだ保存されず、審査の課題が返ります
`submit_insight_review` v0.98.0 (2026-10-27) で追加	審査の答えを渡すために呼びます。洞察はここで保存されます
`mark_asterism_sent` v0.95.0 で追加	「Asterism に追記できた知見を記録して」（次の `export_asterism_claims` で `onlyUnsent: true` にすると、送った知見を除いて出せる）
`list_media` v0.95.0 で追加	人が頼むものではなく、別のアプリ（Asterism など）が素材の中のファイルを拡張子で絞って一覧するために呼びます（下の節を参照）
`get_media_file` v0.95.0 で追加	別のアプリが素材 1 件のファイル（名前・MIME タイプ・大きさ・求めれば中身）を取り出します
`add_material` v0.95.0 で追加	別のアプリがファイルを素材に置きます。同じ中身は二度置かれず、既にある素材の id が返ります

検索はタイトル・本文・手順名・ラベルを対象にします。日本語も分かち書きなしで検索できます。アプリ本体と同じ区切り方を使っているので、Graphium で見つかるものはここでも見つかります。

別のアプリから素材を使う v0.95.0 で追加

list_media・get_media_file・add_material の 3 つは、人ではなく他のプログラムのためのツールです。表を読むアプリ（たとえば Asterism）が、元ファイルの置き場所として Graphium を使えるようにします。あなたの CSV や Excel を一覧し、1 つ取り込み、そのアプリに直接表を落としたときは原本を Graphium に送り返して素材にも現れるようにします。ほかのツールと違って返事は JSON です（プログラムが読むためです）。

知っておくこと:

add_material が受け取るのはファイルの中身（base64）だけです。あなたのディスク上のパスは読みません。つないだアシスタントがこれを使って勝手にファイルを拾うことはできません。
同じ中身は二度保存されません。判定はファイルの SHA-256 で、アプリ本体と同じ鍵です。名前を変えた写しでも、既にある素材に合流します。
32 MiB を超えるファイルは、このツールでは取り出せず、置けません。
この方法で置いた素材は、Graphium が次に素材の索引を作り直したとき（確実なのは Graphium の再起動）に、Graphium にも list_media にも現れます。それまでの間に同じファイルをアプリに落とすと、二重になることがあります。
フォルダはまだ指定できません。置いたファイルは素材の最上位に入ります。

`create_note` の数式と上付き・下付き

本文は Markdown です。見出し・箇条書き・コードブロック・表・太字・斜体・インラインコード・リンクに加えて、数式と上付き・下付きも読み取ります。書き方は get_note がノートをアシスタントに渡すときと同じです。文中の数式は $…$ 、独立した数式は行に単独の $$ … $$、10⁵ や H₂O の上付き・下付きは <sup> / <sub> で表します。そのため、アシスタントがあなたのノートを引用して新しいノートを作っても、 $x$ や <sup>5</sup> は文字のまま残らず、数式と上付きとして保存されます。$100 と $200 や $50-$75 のような金額は、数式にならず文字のままです。

`create_note` の citations

create_note には title と body のほかに、任意の引数が 2 つあります。

citations — 回答が引いた Graphium 内のノート/ページを表す { id, title? } の配列。指定すると本文末尾に References 節が付きます。id が実在するノートを指していれば、トピックが出典から作る References 節と同じ見た目の @ リンクになります。id が解決できない場合はリンクにせず、文字のまま残ります（黙って消えることはありません）。

どちらも追加のみの変更で、指定しなければ従来どおりの挙動です。

`create_note` と `save_answer` の使い分け

どちらも vault に新しいものを書き足しますが、置き場所が違う層で、Graphium がその後の扱い方も層ごとに変えます。

create_note はノートを作ります — 人が保守するものです。Graphium はその後、自分からは一切手を触れません。
save_answer は問答（Q&A）ページを作ります — ナレッジ層のページです（アプリ内チャットの「ナレッジに残す」ボタンが作るのと同じ answer 種別）。作られたあとは、関連する資料が取り込まれるたびに Graphium が改訂し、ほかのナレッジ層のページと同じく点検・出典照合の対象になります。アプリ内のボタンとの違いが1つあります。「ナレッジに残す」は保存前に会話を渡して単体で読める記事に書き起こしますが、save_answer は外部クライアント側の会話に Graphium から手が届かないため、渡された question/answer をそのまま保存します。本文はあらかじめ単体で読める形にして渡してください。

ノートが増えるにつれて Graphium に面倒を見続けてほしいものは save_answer、自分で保守するつもりの一回きりの記録は create_note を使います。

save_answer に渡す本文では、根拠のある文の文末に [[source:<id>]] を書いてください（id は citations に渡すもの。同じことを複数の資料が述べているなら並べて書けます）。出典照合は文ごとに「その文が引いた資料に本当に書いてあるか」を照らすので、本文に引用が 1 つも無い問答（Q&A）ページは照合の対象になりません。引用が無いまま保存すると、ツールの返事でその旨を知らせます。

save_answer の引数:

question — ページのタイトルになります。
answer — 本文（Markdown）。vault 内のものを引用する箇所には [[source:<id>]] と書きます。
citations — { id, title? } の配列。create_note と同じ形です。answer 中の各 [[source:<id>]] はこの一覧と照らして解決され、末尾に References 節が付きます。実在するノート/ページを指す id は @ リンクになり、解決できない id は文字のまま残ります。
sessionId、model — create_note と同じく、来歴として記録されます。

save_answer の呼び出しが終わると、create_note で作ったノートと同じく、再読み込み後に Graphium 側に表示されます。

資料を読む v0.87.0 (2026-10-07) で追加

get_source_text は、資料の本文を窓に切って返します。長い資料でも少しずつ読めます（既定は 4,000 字ずつ、窓どうしは 400 字重なります）。続きを読むときは、アシスタントが次の窓を頼みます。

PDF — 窓ごとに、どのページにあたるか（「ページ n〜m」）を示します。ページを直接指定すると（「3 ページ目あたりを読んで」）、そのページを含む窓が返ります。
Word — .docx だけに対応しています。ほかの形式（.xlsx・.pptx・古い .doc）は UNSUPPORTED_FORMAT と答えます。
Web ページ — Graphium に登録済みの URL だけです。その場でネットワークから取り直して読むため、取り込んだときに保存した内容ではなく、いまのページの内容です。
ノート — ノート ID を渡すと、そのノートの本文が返ります。

資料の id（pdf:… / document:… / url:…）は get_topic や search_media の結果に出てきます。そのため「このトピックが引いている資料を読んで」と頼むだけで、こちらが調べなくても済みます。

アシスタントからナレッジのページを手入れする v0.87.0 (2026-10-07) で追加

手入れ 画面で行うようなナレッジ層の手入れを、アシスタントに任せられます。対象はトピックと問答ページだけです。ノート・知見・洞察には触れません。

ツール	できること
`revise_topic`	本文を Markdown で書き直します。根拠のある文の文末に `[[source:<id>]]` を付けます。渡す資料 id は Graphium に実在する必要があり、無いものは `UNKNOWN_SOURCE` で断ります。資料を渡さないときは、今の資料のままです
`merge_topics`	トピックを 1 つにまとめます。残す側の本文を渡すと、吸収される側はゴミ箱へ移ります
`archive_page` / `restore_page`	ページをアーカイブする／アーカイブやゴミ箱から戻す
`list_operations`	最近の手入れの操作を一覧します（アプリで行ったものも含み、取り消せるかどうかも出ます）
`undo_operation`	操作を 1 回で取り消します。先に、何が変わるかの見積もりを返します。操作のあとにそのページが編集されている場合や、出典照合の結果も一緒に戻る場合は、`confirm: true` を付けて呼び直す必要があります

安全のための決まりは次のとおりです。

どの変更も記録され、取り消せます。 操作は Graphium の 手入れ → 操作の記録 に「MCP（クライアント名）」として、アプリで行った操作と同じ並びで出てきて、そこからも取り消せます（手入れの操作は取り消せます）。MCP から行った取り消しも、それ自体が操作として残り、取り消せます。
版は作られません。 MCP 経由の書き換えでは、履歴パネルに版は残りません。戻すときは操作の記録から行います（写しは 1 年保管されます）。
restore_page は記録に残りません（アプリでアーカイブを解除するときと同じです）。
Graphium を終了してから使います。 アプリが起動中は APP_RUNNING: と答え、何も変えません。
2 つの MCP が同時に書くときは、あとから来たほうが BUSY: と答え、先のものが終わるまで待ちます。
Graphium を一度も起動していない vault には note-index.json が無いため、NO_INDEX: と答えます。Graphium を一度起動して終了してから、もう一度お試しください。
古い形式のトピック（知見から作ったもの）は OLD_FORMAT: と答えます。先に Graphium で 資料から作り直す を行い、新しい形式にしてください。

変更は、次に Graphium を起動したときに反映されます。ほかに 2 つ、あとから追いつくものがあります。素材の「使っているノート」と、そのページの意味検索（埋め込み）です。次にアプリでそのページを保存・再埋め込みしたときに更新されます。

アシスタントに知見を作ってもらう v0.97.0 (2026-10-26) で追加

ノート・メモ・素材（PDF、Word の .docx、登録済みの Web ページ）から、アシスタントに知見を作ってもらえます。アプリの ナレッジに追加 と同じことを、Graphium に設定した AI ではなく、アシスタント自身のモデルで行います。Claude などで性能の高いモデルを契約していれば、そのために Graphium 側に AI を用意する必要はありません。

アシスタントが知見のページを自由に書くわけではありません。Graphium の作る手順に加わる形です。

start_claim_task が、アプリが自分のモデルに送るのと同じ指示を、ノートの本文と関係の深い既存の知見の一覧と一緒にアシスタントへ渡します。
アシスタントが知見を書き、submit_claims に渡します。
Graphium が、自分のモデルの出力と同じように確かめてから保存します。

頼むときは「このノートから知見を作って」と言うだけです。ツールはアシスタントが順に呼びます。

Graphium の側に残るもの:

知見がどこから来たか。 知見の出どころは、いつも課題を渡したノートや素材です。アシスタントが何を書いても、別の出どころを名乗ることはできません。
既存の知見への書き足し。 書き足せるのは、Graphium が課題に載せた既存の知見だけです。課題には関係の深い知見が 100 件ほど載ります。目当てのものが無ければ、アシスタントは find_claims_for_task で追加を探せます。
アプリと同じ確かめ。 Graphium の語彙に無い値は外し、ノートの中に一字一句見つからない判断や規則も外します。独立した 2 つの資料に支えられた知見は、アプリと同じく 確証済み になります。
誰が作ったか。 ページには、MCP 経由で、どのクライアントから、アシスタントが名乗ったどのモデルで作ったかが残ります。モデル名が正しいかは Graphium からは確かめられません。

既存の知見に書き足したときは、新しい内容をその場で末尾に足したうえで、ページ全体を整える任意の課題（submit_rewrite）をアシスタントに返します。整えなくても、何も失われません。

知っておくこと:

「知見を使う」が ON である必要があります。 設定 → AI → 試験的な機能 で OFF なら CLAIMS_DISABLED: と答えます。この版の Graphium で一度も開いていない vault では SETTINGS_UNKNOWN: と答えるので、Graphium を一度起動して終了してください。
Graphium を終了してから使います。 手入れと同じく、起動中は APP_RUNNING: と答えます。
提出 1 回ごとに、1 回で取り消せます。 手入れ → 操作の記録 に MCP で知見を作成 として出ます。取り消すと、作った知見はゴミ箱へ移り、書き足した知見は元に戻ります。
意味検索は次の起動で追いつきます。 Graphium は起動の数秒後に、これらのページの埋め込みを作ります。
長い資料はアプリと同じく切られます。 8 万字ほどを超える PDF と Word は、1 回の課題に収まるよう切ります。Web ページは課題を作るときに読み直します。
トピックは、まだこの方法では作れません。 これまでどおり Graphium の取り込みで作られます。洞察は次の節の方法で作れます。
ノートの本文は資料であって、指示ではありません。 ノートの中に書かれた指示には従わないよう、課題でアシスタントに伝えています。

アシスタントに洞察を作ってもらう v0.98.0 (2026-10-27) で追加

知見をまたいで洞察を探すことも、アシスタント自身のモデルでできます。知見と同じく、ページを自由に書くのではなく Graphium の作る手順に加わる形ですが、往復は 1 回ではなく 2 回です。

start_insight_task — Graphium が関係の深い知見を 50 件ずつ束にして、自分のモデルに送るのと同じ指示をアシスタントへ渡します。
submit_insights — アシスタントが書いた洞察を渡します。ここではまだ保存されません。Graphium は、アプリと同じ 4 つの審査をまとめた 審査の課題 を返します。別分野の例が本当に同じ型か、1 つの洞察に束ねた知見が本当に同じ型か、平易な言い換え、すでにある洞察の繰り返しか食い違いか、の 4 つです。
submit_insight_review — アシスタントが審査の答えを渡し、Graphium が洞察を保存します。

頼むときは「知見をまたいで洞察を探して」と言うだけです。ツールはアシスタントが順に呼びます。

2 回目の往復の目的は審査です。 アプリでは、同じモデルが、作ったときのやり取りを見せない別の呼び出しで、自分の洞察を審査しています。審査の課題には確かめる項目だけを載せ、別の文脈（たとえばサブエージェント）で審査するようアシスタントに頼みます。そうしたかどうかは、Graphium からは確かめられません。課題の審査にはすべて答えが要ります。空の答えは受け付けますが、アプリで審査が失敗したときと同じに扱います（別分野の例は外し、束はそのまま、言い回しは元のまま、洞察は新しいものとして保存）。

Graphium の側に残るもの:

洞察がどの知見に支えられているか。 洞察の出どころにできるのは束の中の知見だけで、確からしさはそれらの中で最も低いものになります。
どこまで見たか。 返事のたびに、知見の全体のうちどれだけを見終えたか（視野）を出します。束が数えられるのは、アシスタントが答えたあとです。続けて頼めば続きを見ます。全部の知見を見終えると、次の巡に入ります。
繰り返しと食い違い。 審査ですでにある洞察と同じとされたものは、新しいページを作らず、その洞察に知見を足します。食い違うとされたものは、別の洞察として残し、互いにリンクして、手入れ → 点検 に「矛盾」として出します。

知っておくこと:

「洞察を使う」が ON である必要があります。 設定 → AI → 試験的な機能 で ON にします（「知見を使う」も ON である必要があります）。OFF なら INSIGHTS_DISABLED: と答えます。
Graphium を終了してから使います。 手入れと同じです。
審査 1 回ごとに、1 回で取り消せます。 手入れ → 操作の記録 に MCP で洞察を作成 として出ます。取り消すと、新しい洞察はゴミ箱へ移り、知見を足した・リンクした洞察は元に戻ります。
束と繰り返しは、意味ではなく言葉の重なりで探します。 アプリはどちらも意味の近さ（埋め込み）で探しますが、アプリの外ではそれが使えません。言い換えただけの繰り返しを見落として、新しい洞察として保存することがあります。その場合も、Graphium のフル点検があとで冗長として見つけられます。

やることとタスク管理ツール v0.94.9 (2026-10-22) で追加

Graphium は記録を残す場所で、タスク管理ツールではありません。ここには線があり、どこを通っているかを知っておくと使いやすくなります。

ノートの中のチェックリストは記録の一部です。「ここまで確かめた」「これはまだ」を表す、チェックの有無という 1 ビットだけを持ちます。タスク管理ツールのタスクは、誰かが取って状態が変わり、期限と担当を持ち、消すのではなく取り下げるものです。Graphium はそうした状態を意図して持ちません。状態は更新し続けないと嘘になりますが、記録は一度本当であれば足りるからです。

list_todos がアシスタントに渡すのは前者です。ノート横断で、まだチェックしていない項目を、それがあるノートとブロックの ID つきで、ノートの中の順に返します。項目の本文に日付やリンクを書いてあれば、アシスタントはそれを読みます。Graphium 自身はどちらも解釈しません。「今週中のものは？」は通じますが、並べるのは Graphium ではなく会話の中です。

タスクを MCP の使えるツールで管理しているなら、両方を同じアシスタントにつなぐだけで橋はできています。「このノートのやり残しをタスクにして」「今週のタスクのうち、ノートに記録があるのはどれ？」のように使えます。タスクのリンクをチェックリストの項目に貼っておけば、両者は対応づいたままです。Graphium はどのツールを使っているかを知りませんし、知る必要もありません。特定のタスク管理ツール向けの仕組みは Graphium の中にありません。

意図してやらないこと: 項目にチェックを付ける（ノートのチェックはあなたのもので、別のツールが終わったと言ったからではなく、あなたが確かめた印です）、外から項目を足す、期限・優先度・担当を持つ。それらが欲しいときは、タスク管理ツールの出番です。

ノートとナレッジ層

Graphium はノートの上にナレッジ層を組み立てます。知見(claim) はノートから抽出された、出典つきの命題。トピック(topic) は資料を読んで概念ごとにまとめたページ。洞察(insight) は複数の知見にまたがるパターンです。search_notes は kind で絞り込めます — note / topic / claim / insight、またはナレッジ層すべてをまとめて表す wiki。どのヒットもどの種別かを返します。

list_topics は Graphium がまとめたものの全体像をいちばん早くつかめる方法です。タイトルと 1 行要約がトピックごとに並びます（Karpathy が LLM 向け wiki で説明している「まず索引を読む」やり方と同じです）。get_topic はトピック 1 件を開き、本文と出典を一度に返します — 資料から作ったトピックは本文が引いている資料、以前の形式（知見から作ったトピック）は束ねている知見と各知見の出どころノートです。

返ってくる答えにはノート ID とブロック ID が付いています。アシスタントは出どころを正確に示せますし、あなたはその箇所を Graphium で開けます。

返ってくるものの例

手順を尋ねると、順番と、各手順が何を使ったかが返ります。

# 多結晶CuGaTe2のボールミリング条件と熱電特性 の手順（9 件）

1. 溶融  [blockId: 801e35ed-…]
   material: Cu, Ga, Te
   tool: シリカ管
   attribute: 99.99%, 99.999%
   純度99.99%のCu、純度99.99%のGa、純度99.999%のTeをシリカ管に封入し、直接反応によって溶融する。

3. ボールミリング  [blockId: b2cd7d10-…]
   material: 粉末
   tool: プラネタリーボールミル, WC ボール
   attribute: rpm: 300, ball-to-powder ratio: 2:6:1, atmosphere: Ar, time: 0 h

同じ装置を使ったノートを尋ねると、その一覧が、ノートごとの該当ブロックつきで返ります。

■ tool: グラファイトダイ  — 3 ノート
   - 多結晶CuGaTe2のボールミリング条件と熱電特性  [noteId: 70ac6b8a-…, blockId: 540904a1-…]
   - CuGaTe2 のボールミリング条件が熱電特性に与える影響  [noteId: 585e605f-…, blockId: d22a6e98-…]

尋ねてみるとよいこと

ツール名を指定する必要はありません。普通の言葉で尋ねれば、アシスタントが選びます。次のような問いが向いています。

「グラファイトダイを使った実験はどれ？」 — 一般的なモデルには答えられない比較です。あなたの記録が要るためです
「CuGaTe2 のボールミリングの手順を、各ステップの条件つきで教えて」 — 手順を会話に持ち込んで、そこから条件を変えて考えられます
「私のノートにはどんな装置や材料が出てくる？」 — 自分が何を記録してきたかの輪郭が見えます
「今回は 873 K でやった。前回までと比べてどう？」 — 自分のノートを基準線にして考えられます
「この結論はどこから来たの？」 — 来歴をさかのぼって、派生元のノートや、取り込んだ元の PDF・Word・Web ページまで辿ります
「その資料から作られたノートやトピックは他にある？」 — 資料の側から、そこから生まれたものを辿ります
「いま整理できたことを、こういうタイトルでノートにして」 — 会話の結論を手元に書き戻せます
「この手順を図にして」 — 手順を Mermaid のフローチャートで返します（60 手順まで）
「重複しているトピックをまとめて」 — 重複を見つけてまとめ、取り消せるように記録します（Graphium を終了してから）
「この PDF の 3 ページ目あたりを読んで」 — トピックの要約ではなく、資料そのものを読みます
「今週中にやることは残っている？」 — ノート横断で、まだチェックしていないチェックリストの項目を集めます。本文に書いた日付はアシスタントが読んで並べます

出どころのノートを一緒に尋ねる癖をつけておくとよいかもしれません。アシスタントは ID を持っているので「それはどのノート？」には必ず答えられますし、Graphium で開いて確かめられます。

一連の流れの例

論文の下書きや解析コードを Claude Code で書きながら、手元の記録を参照する場合の流れです。

全体を見る — 「私のノートにはどんなトピックがある？」（list_topics）
深掘りする — 「Zn4Sb3 の合成条件について分かっていることを教えて」（get_topic）。本文と、根拠にした資料の名前が返ります
確かめる — 「単相にならなかった回の手順を条件つきで見せて」（search_notes → get_note_steps）。気になったら、返ってきたノート ID のノートを Graphium で開きます
書き戻す — 「いまの整理を『Zn4Sb3 は焼結し直すと ZnSb に分解しやすい』というノートにして」（create_note）。Graphium を再読み込みすると一覧に出ます

手入れの流れは少し違います。先に Graphium を終了してから、次のように進めます。

気になる所を探す — 「ナレッジに重複がないか点検して」（check_knowledge）
まとめる — 「その 2 つの Zn4Sb3 のトピックをまとめて」（merge_topics）。アシスタントがまとめた本文を書き、吸収される側はゴミ箱へ移ります
確かめる — 「いま何を変えた？」（list_operations）
違っていれば取り消す — 「それを取り消して」（undo_operation）。結果を見るには、そのあとで Graphium を起動します

ラベルがあると効き方が変わります

find_notes_using と list_entities は、ノート本文に付けた 材料 / 道具 / 条件 / 出力 のハイライトを読みます。まだ何もラベルを付けていない場合、この 2 つは材料を持ちません（検索やトピックなど、ほかのツールはそのまま使えます）。

ここがラベルを付けることの見返りです。いくつかのノートが同じ装置の名前を持つようになると、「この装置を使った実験はどれだったか」を、そのまま尋ねられるようになります。ラベルと来歴も参照してください。

Asterism とつなぐ v0.95.0 で追加

Asterism（知識グラフの製品）と組み合わせると、Graphium の知見（判断・規則・解釈・観察）とトピックが Asterism の知識グラフになります。AI が Asterism を検索して答えを作り、答えと出典を Graphium に戻せます。

手順	誰が	何を
1. 準備（1 回）	人	設定 → AI →「Asterism と連携する」をオンにします。知見に型（judgment / rule / interpretation / sosa:Observation）を付けます。Claude Desktop などに Graphium と Asterism の両方の MCP をつなぎます
2. 最初の設計（1 回）	人	`export_asterism_claims` の JSON を Asterism のチャットに添えて設計し、承認して公開します（見本は Asterism の `docs/examples/graphium/`）
3. ふだんの同期	AI	`export_asterism_claims`（`includeTopics: true`・全量）→ Asterism の `resync_rows` → `mark_asterism_sent`。直した知見・消した知見もこれで届きます
4. 増分だけ	AI	`export_asterism_claims`（`onlyUnsent: true`）→ Asterism の `append_rows` → `mark_asterism_sent`
5. 検索して戻す	AI	Asterism の `find_datasets` → `sparql_query`（出典は `source_url`＝Graphium のページ）→ Graphium の `save_answer`（`citations` に知見の id）

source_url はこのアプリのページの URL（#knowledge/claim/<id>・#knowledge/topic/<id>）です。Asterism の答えの出典になります
トピックは Asterism では概念（skos:Concept）として知見に結ばれます。材料名などが他のデータセットの値と重なると、Asterism が「つながり」の候補を出します
送った記録は appdata/asterism-sent.json に残ります
型の語と知見の基底 IRI は、設定の「詳しい設定」で変えられます（推奨値が入っています）

あえてやらないこと

既存のノートを書き換えることはありません。 create_note は新しいノートを足すだけです。save_answer も新しい問答（Q&A）ページを足すだけで、あなたのノートには触れません（ただし作られた問答（Q&A）ページ自体は、ノートと違って Graphium のナレッジ層の保守によって後から改訂されます）。MCP 経由でアシスタントが行うどの操作も、あなたが書いたノートを上書きしません。

ナレッジのページは手入れできます。どの変更も記録され、取り消せます。 トピックと問答ページは、書き直し・統合・アーカイブができます（前の節）。どれもクライアント名つきで操作の記録に残り、Graphium から取り消せます。Graphium が起動しているあいだは断られ、履歴パネルの版は作られません。戻すのは操作の記録からです。アシスタントが作った知見も、同じように記録され、取り消せます。

点検は機械判定だけです。 check_knowledge は、孤立したページ・空のページ・同名の重複・資料の欠落・矛盾の印を見つけます。AI を使う判定（古さ・穴・意味が同じ重複）は、Graphium の手入れ画面で行います。手順の図は 60 手順までで、それを超えると先頭の 60 手順と注記になります。

来歴を作り出すことはしません。 実験について会話すれば来歴グラフができあがる、と期待されるかもしれませんが、そうはしていません。これは意図的なものです。来歴は、実際に起きたことの記録です。会話から組み立て直したグラフは、見た目は同じでも意味が違います。それはあなたの手順についての推測であり、照らし合わせる相手がありません。Graphium は、エディタであなたが行ったことから来歴を記録します。モデルが「たぶんこうしたのだろう」と推測したものからは記録しません。

一方で、書き込みが起きたという事実そのものは自動で記録されます。MCP 経由で作られたノートには、誰の依頼で、どのクライアントを通って、どのモデルが書いたのかが残ります。これは推測ではなく観測なので、記録として残せます。

タスク管理はしません。 list_todos はノートの中のチェックリストから、まだチェックしていない項目を読むだけです。チェックを付ける・項目を足す・期限や担当や優先度を持つことはできません。Graphium はそれらを保存しないためです。やることとタスク管理ツールを参照してください。

MCP で作ったノート・問答（Q&A）ページは再読み込み後に現れます。 どちらの一覧もアプリ側が組み立てるため、Graphium を開いたまま書き込んだものは、次に再読み込みするか再起動したときに一覧に出ます。手入れのツールによる変更は、次に Graphium を起動したときに反映されます。

うまくいかないとき

クライアントに Graphium のツールが出てこない。 設定のパスがフルパスになっていて、実在する graphium-mcp.mjs を指しているかを確認し、クライアントをアプリごと再起動してください。Claude Desktop では 設定 → 開発者 でサーバーが起動したかどうかを確認できます。

Claude Desktop を再起動したら、足した設定が消えていた。 アプリを起動したまま設定ファイルを書き換えると、アプリが古い内容で上書きします。⌘Q でアプリを完全に終了してから、もう一度書き換えてください（設定するの注意を参照）。

サーバーが起動しない（ログに spawn node ENOENT など）。 デスクトップアプリが node を見つけられていません。which node で調べたフルパスを "command" に書いてください。

Claude Code で、あるフォルダでは使えるのに別のフォルダでは使えない。 登録したときに --scope user を付けなかったため、そのフォルダ専用になっています。claude mcp add --scope user … で登録し直してください。

マニュアルに載っているツールが出てこない・動きが古い。 サーバーのファイルがビルドしたときのままです。新しい版に更新するの手順でビルドし直してください。

手入れのツールが APP_RUNNING: と答える。 Graphium が起動しています。完全に終了してから、もう一度お試しください。ブラウザ版は、閉じたあとも 90 秒ほど起動中に見えることがあります。

手入れのツールが BUSY: と答える。 別の MCP が書き込んでいる最中です。少し待ってからもう一度お試しください。

手入れのツールが NO_INDEX: と答える。 vault に note-index.json がありません。Graphium を一度も起動していない vault です。Graphium を一度起動して終了してから、もう一度お試しください。

PDF を読むと「Node 20.16 以上が必要」と出る。 Node.js を 20.16 以降に更新してください（"command" にはその node のフルパスを書きます）。

PDF と Word の文字起こしだけが動かず、ほかは動く。 bundle を clone の外へ写して使っています。clone の dist-mcp/ にあるファイルをそのまま使うか、クライアントの設定をそのパスに戻してください。

ツールが「vault が見つかりません」と答える。 ノートのフォルダを見つけられていません。env の GRAPHIUM_ROOT に、notes/ を含むフォルダを指定してください。

ノートがあるのに検索で何も出てこない。 サーバーは最初の検索時に自前の索引を組みます。ノートが多いと 1 秒ほどかかります。それでも空のままなら、指定したフォルダが Graphium の実際の保存先かどうかを確認してください。現在のパスは ⚙ 設定 → 一般 に表示されています。

AI アシスタントから使う（MCP）v0.46.0 (2026-08-28) で追加 ​

どんなときに役立つか ​

設定する ​

ほかの MCP クライアント ​

新しい版に更新する ​

アシスタントにできること ​

別のアプリから素材を使う v0.95.0 で追加 ​

create_note の数式と上付き・下付き ​

create_note の citations ​

create_note と save_answer の使い分け ​

資料を読む v0.87.0 (2026-10-07) で追加 ​

アシスタントからナレッジのページを手入れする v0.87.0 (2026-10-07) で追加 ​

アシスタントに知見を作ってもらう v0.97.0 (2026-10-26) で追加 ​

アシスタントに洞察を作ってもらう v0.98.0 (2026-10-27) で追加 ​

やることとタスク管理ツール v0.94.9 (2026-10-22) で追加 ​

ノートとナレッジ層 ​

返ってくるものの例 ​

尋ねてみるとよいこと ​

一連の流れの例 ​

ラベルがあると効き方が変わります ​

Asterism とつなぐ v0.95.0 で追加 ​

あえてやらないこと ​

うまくいかないとき ​

関連ページ ​

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どんなときに役立つか

設定する

ほかの MCP クライアント

新しい版に更新する

アシスタントにできること

別のアプリから素材を使う v0.95.0 で追加

`create_note` の数式と上付き・下付き

`create_note` の citations

`create_note` と `save_answer` の使い分け

資料を読む v0.87.0 (2026-10-07) で追加

アシスタントからナレッジのページを手入れする v0.87.0 (2026-10-07) で追加

アシスタントに知見を作ってもらう v0.97.0 (2026-10-26) で追加

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やることとタスク管理ツール v0.94.9 (2026-10-22) で追加

ノートとナレッジ層

返ってくるものの例

尋ねてみるとよいこと

一連の流れの例

ラベルがあると効き方が変わります

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あえてやらないこと

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